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Die PAS-Färbung wird hauptsächlich zum Anfärben von Strukturen mit einem hohen Anteil an Kohlenhydraten wie Glykogen, Glykoproteinen, Proteoglykanen verwendet, die typischerweise in Bindegewebe, Mukus und Basalmembran vorkommen.
Häufig zum Anfärben von Nieren- und Leberbiopsieproben, bei bestimmten Glykogenspeicherkrankheiten in der gestreiften Muskulatur und bei Verdacht auf Pilzinfektionen herangezogen.
